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《女医明妃传》结局如下。

1、吴太后数次找到祁钰大闹。祁钰不堪母亲刺激，在除夕夜突然病发，意外病逝。吴太后认定是允贤医术不精，害死了儿子，要允贤为祁钰殉葬。

2、为救允贤，英宗不得不趁夜入宫，并在拥护他的大臣帮助下，登基为皇，下旨从此废除殉葬制度。允贤逃脱了殉葬的命运，却意外地失去了腹中的孩子。

3、她得知英宗登基后，悄悄离开宫中，随戏班一起远走天涯。英宗在政事上励精图治，在宫中推行女医制度，十年之后他传位太子，自己四处私访，终于再度找到了允贤。

4、因为允贤和英宗的作为，不少民间女子开始行医，大众渐渐接受了女子行医的事实，女子的寿命大为提高。